Um das Qualitätszeichen natureplus breit abzustützen, sind in der Trägerschaft alle Gruppen vertreten, die am Bauprozess beteiligt oder davon betroffen sind. Diese Zusammensetzung findet sich auch im zwölfköpfigen Vorstand.
Die Vorstandsmitglieder werden von der Mitgliederversammlung für zwei Jahre gewählt. Eine Wiederwahl ist möglich. Der Vorstand bestimmt aus seiner Mitte den Vorstandsvorsitzenden, seinen Stellvertreter und einen Schatzmeister. Der Vorstandsvorsitzende oder sein Stellvertreter sind außergerichtlich und gerichtlich alleinvertretungsberechtigt.
Nähere Regelungen zum Vorstand finden sich in der Satzung unter § 9.
Zusammensetzung
Zurzeit setzt sich der Vorstand folgendermaßen zusammen:

Uwe Welteke-Fabricius (Vorsitzender)
Bund für Umwelt und Naturschutz
Deutschland

Anne-Louise Huber (stellv. Vorsitzende)
SIB Schweizer Interessensgemeinschaft Baubiologie
Schweiz

Martin Brettenthaler
Föderation Europäischer Faserplattenhersteller FEROPA
Frankreich

Horst Kliebe
ÖkoPlus AG (Fachhandelsverband für ökologisches Bauen und Wohnen) Deutschland

Gerhard Koch
Verband Österreichischer Ziegelwerke
Österreich

Dr. Sabine Graf
Industriegewerkschaft Bauen, Agrar, Umwelt
Deutschland

Mag. Hildegund Mötzl
IBO (Österreichisches Institut für Baubiologie und -ökologie GmbH)
Österreich

Peter Thoelen
VIBE (Vlaams Instituut voor Bio-ecologisch Bouwen en Wonen)
Belgien

Dr. Gerd Zwiener
ECO-Umweltinstitut GmbH
Deutschland