Die Initiative zu dem natureplus-Qualitätszeichen ging vom deutschen Baustoff-Fachhandel aus. Unter Federführung des Bundesverbands Deutscher Baustoff-Fachhandel e.V. (BDB) waren die Initiatoren:
Der BDB lud die führenden Prüfinstitute, die sich mit der Vergabe von Öko-Labeln im Bauwesen beschäftigen, zu einer gemeinsamen, europaweiten Initiative ein. Damit sollte vor allem die Beratungstätigkeit im Fachhandel weiter verbessert werden. Aus dieser Initiative entwickelte sich zunächst die ARGE ecoNcert, danach ecoNcert e.V., aus dem schließlich durch Umbenennung natureplus e.V. wurde. Gründungsmitglieder der ARGE ecoNcert waren u. a. folgende Institute:
Am 20.04.2001 wurde der Internationale Verein für zukunftsfähiges Bauen und Wohnen – natureplus e.V. auf der Gründungsversammlung in Frankfurt/Main gegründet und ins Vereinsregister eingetragen. Im Juni 2002 wurden die ersten zertifizierten Produkte durch die damalige Schirmherrin von natureplus, die deutsche Bundesministerin für Verbraucherschutz Renate Künast, mit dem natureplus-Zertifikat ausgezeichnet.
Nach fünf Jahren ist es gelungen, Qualitätsanforderungen (Vergaberichtlinien) für rund 30 Produktarten zu entwickeln und etwa 150 Produkte von einer bedeutenden Zahl von Herstellern danach zu zertifizieren. Unter den privaten Kennzeichensystemen hat einzig natureplus eine Marktbedeutung erlangt.
Heute hat der Verein 95 Mitglieder (Stand: Oktober 2006) und ist auf dem besten Weg, das Ziel der Selbstfinanzierung zu erreichen.