Kommissionen
Zur Klärung spezieller wissenschaftlicher Fragestellungen wurden vom Vorstand fachspezifische Kommissionen einberufen. Die unabhängige Vergabestelle für das natureplus-Qualitätszeichen wurde eingerichtet, um über die Konformität der zur Prüfung eingereichten Produkte mit den entsprechenden Vergaberichtlinien und die Vergabe der Lizenzen zur Nutzung des Qualitätszeichens zu entscheiden. Sie setzt sich aus unabhängigen Fachleuten der zugelassenen Prüfinstitute zusammen, die an den konkret zur Entscheidung anstehenden Prüfungen nicht beteiligt waren. Grundlage für die Vergabe sind die Prüfberichte zugelassener Prüfinstitute. Die Vergabestelle führt eine Qualitätskontrolle dieser Berichte durch und überprüft ihre formale und fachliche Richtigkeit.
Die Kriterienkommission ist für die Entwicklung, Harmonisierung und Weiterentwicklung der Kriterien für die Zeichenvergabe zuständig. Sie setzt sich mehrheitlich aus Wissenschaftlern und Sachverständigen zusammen, die über Erfahrung in der ökologischen Produktprüfung verfügen. Diesen beigestellt sind Vertreter der einzelnen im natureplus-Verband vertretenen Sparten, um alle Interessengruppen repräsentiert zu sehen. Im Besonderen ist die Kriterienkommission verantwortlich für die Klärung von Grundsatzfragen mit Auswirkungen auf die Richtlinien (Produkt- sowie Produktgruppenrichtlinien und Basiskriterien) für die Grundlagen der Zertifizierungen (z.B. die grundsätzliche Zulässigkeit bestimmter Stoffe unter dem Kriterium der gesundheitlichen Auswirkungen, die Bewertung von technischen Alternativen, die Festlegung von Emissionsgrenzwerten, die Festlegung von Prüf- und Meßmethoden). Nach einer öffentlichen Anhörung mit der Möglichkeit der Stellungnahme juristischer Personen, die ein wirtschaftliches oder gesellschaftliches Interesse an der Vergaberichtlinie nachweisen können, wird schließlich die Endfassung erarbeitet, verabschiedet und veröffentlicht.
Prüfinstitute und Sachverständige, die im Rahmen von natureplus Zertifizierungen oder Überprüfungen von Zertifizierungen durchführen, müssen selbst vom Verein zugelassen werden. Dazu erarbeitet die Zulassungskommission die Zulassungsrichtlinien und eine Gebührenordnung, führt die Prüfung der Institute und Sachverständigen durch und erstellt Entscheidungsvorlagen für den Vorstand.